Berekeningen van de poriegrootte van membraaneiwitten kloppen niet. In werkelijkheid kunnen er veel grotere moleculen door zo’n porie, zo hebben Groningse onderzoekers experimenteel bewezen.

In PNAS melden microbioloog Arnold Driessen en organicus Ben Feringa een reeks proeven met SecYEG, een membraaneiwit van de bacterie E. coli. SecYEG dient om ongevouwen eiwitten (dus lineaire ketens van aminozuren) naar buiten te kunnen laten. Zo’n keten heeft een gemiddelde diameter van 0,4 tot 0,6 nm. De porie is echter enigszins rekbaar om precies rond de verschillende aminozuur-bouwstenen te kunnen sluiten.

Simulaties uit de moleculaire dynamica wezen uit dat zo’n porie moet zijn op te rekken tot een diameter van 1,6 nm. Om vast te stellen of dat klopte, hebben ze in Groningen nu een reeks harde, bolvormige organische moleculen (tetra-arylmethaanderivaten, om precies te zijn) gesynthetiseerd met verschillende diameters.

Er hing telkens een cysteïnegroep aan waarmee ze die bolletjes tegen een eiwitketen aan konden plakken. Die keten kon dan weer op natuurlijke wijze door de porie worden getrokken, met bolletje en al.

Vervolgens keken de onderzoekers welke bolletjes nog net door SecYEG heen konden en welke niet. Eentje van 1,8 nm bleek nog te kunnen passeren, een van 2,9 nm verstopte de boel. Tel daar de dikte bij op van de eiwitketen waar de bolletjes tegenaan zaten, en je komt uit op een poriediameter van 2,2 tot 2,4 nm - en misschien nog iets groter.

Waarmee bewezen is dat die moleculaire-dynamicasimulaties er stevig naast zitten. Waar de fout zit, is nog niet bekend.

bron: RU Groningen