Eindelijk is er een goede genetische kaart van Aedes aegypti, de mug die het Zika-virus overbrengt. En nu we weten hoe het moet kunnen we ook andere ‘lastige’ genomen voor een zacht prijsje assembleren, blijkt uit een Science-publicatie.

De ruwe gegevens voor dat genoom lagen er al sinds 2007. Ze waren verzameld via de gebruikelijk methode, waarbij je een aantal sets chromosomen opknipt tot korte stukjes die behapbaar zijn voor een sequencer. Dat verknippen gebeurt bij elk setje op andere, willekeurige plekken zodat je overlappende fragmenten krijgt die door computers aan elkaar kunnen worden gepuzzeld tot een compleet chromosoom.

Bij die mug zit het DNA echter vol lange, repeterende DNA-fragmenten waarmee deze methode zich geen raad weet: ze kan simpelweg niet bepalen hoe vaak zo’n sequentie aanwezig is. Dat alle informatie is verdeeld over slechts drie paar chromosomen, helpt ook niet. Een oplossing zou zijn om het DNA in minder korte stukken te knippen, maar dat maakt het sequencen een stuk lastiger en duurder - áls het met de huidige apparatuur al lukt.

Erez Lieberman Aiden en collega’s hebben daarom een tweede methode ingezet die bekend staat als Hi-C. Daarbij kijk je welke fragmenten dicht bij elkaar zitten als het chromosoom opgerold zit in de celkern. Die afstand is niet direct gerelateerd aan het aantal basenparen tussen de fragmenten. Maar naarmate dat aantal groter wordt, wordt wél de kans kleiner dat ze bij het oprollen vlak naast elkaar terecht komen.

En dát ze vlakbij elkaar terecht komen kun je meten door de strengen ter plekke chemisch aan elkaar te knopen, ze daarna verderop te verknippen en te kijken welke nieuwe combinaties je hebt gekregen.

Om daar vervolgens uit af te leiden hoe vaak de repeterende sequenties vermoedelijk voorkomen, vraagt een enorme hoeveelheid computerwerk. Maar het kán wel. De auteurs hebben het eerst uitgeprobeerd met een menselijk genoom waarvan de exacte samenstelling wél tamelijk nauwkeurig bekend is. Het resultaat klopte voor 99 %. Vandaar dat ze nu ook de stelling aandurven dat ze A.aegypti tot op enkele details na in kaart hebben.

Datzelfde geldt voor een tweede muggensoort, Culex quinquefasciatus, die het West-Nijlvirus overbrengt.

Uit de resultaten valt af te leiden dat de opbouw van de muggenchromosomen al 200 miljoen jaar globaal hetzelfde is; de genen muteren wel, maar blijven op dezelfde tak van hun chromosoom zitten. Of het ook iets oplevert dat het bestrijden van deze muggen eenvoudiger maakt, is een kwestie van afwachten.

bron: Nature News, Science