De MinION laat zich via usb op de pc aansluiten.

DNA-analyse met nanoporiën is nog niet perfect, maar heeft het in zich om de nieuwe standaard te worden. Dat valt op te maken uit een juichend persbericht waarin het European Bioinformatics Institute (EBI) de eerste resultaten aankondigt van een evaluatie door een onafhankelijk consortium van laboratoria.

Die nanoporie-analyse, waarbij je je DNA letterlijk door die porie trekt en detecteert welke basen er langs komen, werd begin 2012 met veel bombarie in de markt gezet door de universitaire spin-off Oxford Nanopore. Die beloofde dat de miniatuurversie, de minION, nog datzelfde jaar op de markt zou verschijnen. Maar sindsdien werd er weinig meer van vernomen, behalve geluiden dat de prestaties in de praktijk nogal tegenvielen.

Achteraf lijkt de technologie gewoon meer tijd nodig te hebben gehad. In het kader van een ‘MinION Access programme’ (MAP) heeft Oxford Nanopore meer dan duizend prototypes uitgezet bij laboratoria over de hele wereld - de dingetjes wegen maar honderd gram, dus de portokosten vielen mee. De feedback werd dankbaar benut om de MinION-hardware en de bijbehorende besturings- en interpretatiesoftware continu te verbeteren.

Binnen MAP coördineert het EBI, een dochter van het prestigieuze European Molecular Biology Laboratory (EMBL), een subgroep van laboratoria die als MinION Analysis and Reference Consortium (MARC) door het leven gaat.

De nu door EMBL gepubliceerde resultaten betreffen vooral een vergelijkend onderzoek waarbij vijf MARC-labs, waaronder ZF-screens in Leiden, via hetzelfde protocol dezelfde stam van E.coli sequensten. In zo’n geval horen de resultaten ongeveer identiek te zijn, binnen de foutmarges van het protocol, en dat waren ze inderdaad.

De publicatie bevat nog wel bakken detailkritiek, maar er lijkt niets tussen te zitten dat technisch onoplosbaar is.

Die resultaten zijn zonder peer review online gezet op het F1000Research-platform. Dat de gebruikelijke wetenschappelijke publicatiekanalen zijn overgeslagen is volgens EMBL vooral omdat die te langzaam werken voor de ontwikkelingen op DNA-analysegebied. De huidige publicatie geeft de stand van zaken in april dit jaar weer, en zelfs dát is inmiddels alweer achterhaald omdat ze bij Oxford Nanopore niet hebben stilgezeten.

bron: EMBL