Gentse onderzoekers presenteren het eerste complete overzicht van niet-werkende genen in de 36 populairste types laboratoriummuizen. Zo kun je vooraf zien of je gekke dingen kunt verwachten als je nog meer genen stillegt in zo’n muis, schrijven Steven Timmermans, Marc Van Montagu en Claude Libert in PNAS.

Op de website mousepost.be kun je er inmiddels interactief naar zoeken.

Die labmuizen zijn gewoonlijk inbred strains of inteeltlijnen, die net zo lang binnen de familie zijn gekruist tot er vrijwel geen variatie meer in hun genen zat. Dat betekent dus ook dat toevallige afwijkingen, die je anders maar bij een heel klein percentage van de dieren aantreft, er nu continu ingebakken zitten.

Voor een deel is dat de bedoeling: zulke inteeltmuizen zijn gewoonlijk sterk vatbaar voor één bepaalde aandoening, vaak een vorm van kanker, die je er dus efficiënt mee kunt bestuderen.

Maar er zitten ook genetische fouten in die daar niets mee te maken hebben maar die wel ineens de kop kunnen opsteken als je gaat sleutelen aan een functie die er door beïnvloed wordt. De auteurs noemen een paar voorbeelden. Zo is de C3H/HeJ-muis dankzij een defect gen opgewassen tegen bacteriële lipopolysaccharides waar andere muizen aan doodgaan. En terwijl je bij AKR/J-muizen het gen Apc straffeloos kunt uitschakelen, leidt het bij C57BL/6J-muizen tot wildgroei van darmpoliepen.

Recent heeft het Wellcome Trust Sanger Institute het complete genoom van 36 van die stammen opgehelderd. En de Vlamingen hebben nu een bioinformatica-tool ontwikkeld waarmee ze al die genomen konden vergelijken. Zowel onderling als met de C57BL/6J-stam, die verreweg het meeste wordt gebruikt en hier dient als referentie.

Daarbij maken ze onderscheid tussen drie soorten mutaties: stop gained (SG) waarbij een gen niet geheel wordt afgelezen omdat er een extra stopcodon is ingeslopen, stop loss (SL), waarbij juist een stopcodon zoek is zodat de aflezing doorgaat voorbij het eigenlijke gen, en mutaties (MUT) waarbij de aflezing normaal is maar er fouten in de aminozuurvolgorde zitten.

Alles bij elkaar kom je uit op gemiddeld een paar duizend afwijkingen per stam - van de meeste zul je normaal gesproken wel niets merken, maar toch.

bron: PNAS