SHR-rat.

Het genoom van labratten met chronisch verhoogde bloeddruk wijkt op verrassend veel punten af van dat van gewone bruine ratten. Dat valt op te maken uit een publicatie in Genome Research.

Een inerantionaal team gebruikte de nieuwste Illumina-apparatuur om het genoom van de zogeheten SHR-rat nauwkeurig in kaart te brengen. SHR staat voor Spontaneously Hypertensive Rat; deze stam is het meest gebruikte diermodel voor menselijke bloeddrukproblemen.

Het genoom werd naast dat van de BN-referentiesequentie gelegd, waarbij BN staat voor Brown Norway. Onder de gevonden verschillen waren 3,6 miljoen puntmutaties (SNP’s), 343.243 korte inserties of deleties (‘indels’) en 13.438 grotere deleties.

Het gevolg is dat de SHR-rat 107 genen geheel of gedeeltelijk mist, en van 688 genen een afwijkend aantal kopieën bezit.

Welke van die afwijkingen verantwoordelijk zijn voor de hoge bloeddruk, moet nog worden uitgezocht. Duidelijk is al dat er nogal wtat genen bijzitten die te maken hebben met celfuncties als (ionen-)transport en plasmamembraanlokalisatie.

bron: Cold Spring Harbor Lab

Onderwerpen