Biologen hoeven geen verstand meer te hebben van computers om nuttige informatie te halen uit hun RNA-transcriptomen. Dat belooft althans de University of Missouri-Columbia die er een gratis online-verwerkingscentrum voor heeft geopend.
Die transcriptomen zijn een verzameling van alle boodschapper-RNA uit een monster. Elke sequentie staat voor een te produceren eiwit, en uit het transcriptoom kun je dus halen welke eiwitten op een gegeven moment ‘in productie’ zijn, en welke in grotere hoeveelheden dan normaal worden gemaakt.
Zo’n transcriptoom door een sequenser halen gaat al vrijwel automatisch. Maar informatie uit de gevonden sequenties halen was tot nu toe erg lastig: ten eerste gaat het om enorme databestanden, ten tweede is de beschikbare interpretatie-software vaak academisch knutselwerk waarbij gebruiksvriendelijkheid niet op de eerste plaats staat.
De nu gepresenteerde RNAMiner-website probeert daar iets aan te doen. In feite is het een gebruiksvriendelijke ‘shell’ rond een aantal van die onlineprogramma’s: biologen hoeven alleen nog hun RBNA-datat te uploaden en na een uur of wat rolt er een lijstje eiwitten uit.
Onder het optimistische motto ‘from gigabytes to kilobytes’ werd de werking onlangs uitgelegd in PLoS ONE. Het gaat in vijf stappen: RNA naast een bestaand genoom uit de database leggen, de expressie van de afzonderlijke genen bepalen, kijken welke expressies sterk verschillen van monster tot monster, voorspellen wat de functie van de genen in kwestie is, en kijken of uit het expressiepatroon mogelijke regelnetwerken zijn af te leiden.
Voorlopig zijn vijf van die online-referentiegenomen in het systeem gezet: van de muis, de mens, de fruitvlieg, de zandraket en de bacterie C. perfringens. Andere genomen zijn van harte welkom mits iemand ze gratis uploadt.
Gemiddeld kost het volgens de auteurs 10 uur voor een datapakket van 2 GB.
Ze zeggen over belangstelling niet te klagen te hebben. Wat er gebeurt met hun computercentrum als die belangstelling nog iets groter wordt, is een kwestie van afwachten.
En of dit soort software er voor gaat zorgen dat de vraag naar bio-informatici een stuk lager zal uitvallen dan verwacht omdat die lui al door robots zijn vervangen voor ze goed en wel zijn opgeleid, is een leuke existentiële vraag.
Nog geen opmerkingen