Betrapt: één Campylobacter jejuni per ml.

Een combinatie van PCR, microfluidics en een DNA-microarray spoort lage concentraties pathogene bacteriën in drinkwater binnen vier uur op. Vergeleken met de huidige methoden is hij veel sneller én gevoeliger, zo claimt Michael Seidel (Technische Universität München) in Analytical Chemistry.

De methode komt er op neer dat je het DNA in het water een keer of 30 vermenigvuldigt via een polymerase chain reaction-proces (PCR). Daarbij breek je de procedure voortijdig af, tijdens de zogeheten logaritmische fase, wat tot gevolg heeft dat het aantal kopieën extra sterk afhankelijk is van de oorspronkelijke DNA-concentratie.

Vervolgens splits je het gevormde DNA op in enkele strengen, die je labelt met digoxigenine. En die breng je in contact met een DNA-array waarop representatieve stukken genetische code zitten van de gezochte micro-organismen. Bevatte het watermonster die code, dan zal dat complementaire DNA (inclusief digoxigenine) zich aan het DNA op de array binden (‘hybridiseren’).

Tot slot maak je die digoxigenine zichtbaar door een passend antilichaam toe te voegen dat gekoppeld is aan een peroxidase-enzym dat een lichteffect katalyseert.

Het zijn vrij veel stappen maar in de praktijk ben je in 3,5 uur klaar. En de methode is zo gevoelig dat je één exemplaar van Campylobacter jejuni in een milliliter water nog kunt opsporen. Voor Escherichia coli O157:H7 ligt de detectiegrens bij 136 bacteriën per milliliter, voor Salmonella enterica op 500.

bron: C&EN

Onderwerpen