Met AFM komen onderzoekers van UCL dicht in de buurt van de werkelijkheid van het oppervlak van een bacterie.

Beelden van materie op moleculaire of zelfs atomaire schaal zijn doorgaans benaderingen van de werkelijkheid, omdat we het niet direct kunnen waarnemen. Dit plaatje, een atomic force microscopy-opname (AFM) van het buitenmembraan van een E. coli-bacterie, komt echter heel dicht in de buurt van die werkelijkheid. Het plaatje is gemaakt in de groep van Bart Hoogenboom, die na een studie natuurkunde aan de Rijksuniversiteit Groningen via Grenoble en Basel neerstreek aan het University College London. Hij heeft al verschillende primeuren op zijn naam voor hogeresolutiemicroscopie op basis van AFM en kan deze aan zijn palmares toevoegen, want het is volgens de publicatie in PNAS een opname van een bacterie-oppervlak ‘met de hoogste resolutie ooit’.

De conclusies die Hoogenboom en collega’s uit de afbeelding trekken: het oppervlak bestaat vooral uit OmpF (outer membrane porin F), dat een statisch porine-netwerk vormt met daartussen patches van lipopolysachariden (LPS) die dynamisch groeien en krimpen. OmpA-eiwitten zorgen voor noncovalente verankering van het buitenmembraan in de onderliggende celwand van de bacterie.

Beeld: Georgina Benn, University College London