Voor het eerst zijn planten in de vrije natuur gedetermineerd aan de hand van hun DNA. Nog even en we kunnen de papieren flora definitief inruilen voor een nanoporiesequencer en een pc met een databank vol plantengenomen, suggereren Britse botanici in Scientific Reports.

‘In de vrije natuur’ moet je daarbij heel letterlijk nemen: de auteurs stelden hun apparatuur op in een tent middenin Snowdonia National Park, in Noord-Wales. De keuze voor de MinION van Oxford Nanopore, de enige draagbare sequencer die tot nu toe op de markt is, was dus onontkoombaar. Ter vergelijking namen ze de monsters mee naar huis om ze met een klassieke Illumina-sequencer nogmaals te bekijken.

Om het een beetje moeilijk te maken vergeleken ze twee Arabidopsis-soorten, de zandraket A. thaliana en de nauw verwante A. lyrata. Van die eerste is het genoom tot in detail bekend, van de andere bestaan twee voorlopige ‘draft genomes’.

Het resultaat van 16 uur per soort sequensen in het veld was min of meer wat je kon verwachten. Vergelijking met de bestaande genomen leerde dat de MinION-resultaten vol fouten zaten, deels omdat die techniek nog niet geheel is uitgerijpt en deels omdat in het veld de mogelijkheden voor monstervoorbewerking beperkt zijn. Ook spreken de auteurs het vermoeden uit dat bepaalde reagentia te warm werden en degradeerden.

Op deze manier een referentiegenoom van een niet eerder gesequenste soort in elkaar zetten, gaat dus voorlopig niet lukken. Het kán wel met de MinION, zoals Delftse en Leidse onderzoekers recent lieten zien, maar alleen als je in een lab zit, ruim de tijd neemt en heel zorgvuldig te werk gaat.

Daar staat tegenover dat de DNA-fragmenten, die de MinION in één stuk analyseert, vele malen langer zijn dan wat er uit de Illumina komt. Je hoeft dus geen korte stukjes aan elkaar te puzzelen voordat je probeert de plantensoort vast te stellen. Als je genoeg van die lange fragmenten hebt, zijn er altijd wel een paar bij die voldoende overeenkomen met een genoom uit je database om een conclusie te kunnen trekken.

De auteurs stellen zelfs dat er technisch nioet zo veel hoeft te verbeteren om dit soort analyses te kunnen toevertrouwen aan niet-specialisten, en zelfs aan fanatieke amateur-botanici en schooolkinderen.

bron: Scientific Reports