Daar gaat duidelijk een rechte lijn doorheen, toch?

Voorzie studenten van één softwarepakket dat hun onderzoeksdata zowel analyseert als presenteert, en ze leren vanzelf het nodige over de reproduceerbaarheid van publicaties. Dat stellen onderzoekers van enkele Amerikaanse universiteiten die voor de gelegenheid een prototype van zulke software in elkaar hebben gezet.

Volgens de auteurs worden de problemen met niet-reproduceerbaarheid van onderzoek namelijk voor een aanzienlijk deel veroorzaakt door de gangbare praktijk om de data-analyse met statistieksoftware te doen. De uitkomsten worden vervolgens via copy-and-paste getransplanteerd in Word of PowerPoint, om ze presentabel te maken.

Nadeel hiervan is dat je aan zo’n Word-document niet meer rechtstreeks kunt zien hoe je op je resultaten gekomen bent. En dus ook niet of er fouten in zijn geslopen, of zelfs dat je met je knip- en plakwerk al dan niet bewust een beetje selectief bezig bent geweest.

Als we recente publicaties in onder meer Nature moeten geloven is dat selectieve bezigzijn momenteel eerder regel dan uitzondering. Er zijn berichten dat in de life sciences de helft van de publicaties in het geheel niet reproduceerbaar is.

In het tijdschrift Technology Innovations in Statistics Education wordt nu een pakket beschreven dat de ruwe data, de bewerking en het omlijstende artikel samen in één html-document laat belanden. Het is geschreven in de onder statistici populaire programmeertaal R en kreeg dan ook de naam R Markdown mee.

De auteurs hebben het uitgeprobeerd op 417 studenten die een inleidend statistiekvak volgden. Daarbij werd voortdurend gehamerd op het thema reproduceerbaarheid. Na afloop vond ongeveer driekwart vab de studenten het prettig werken, en gaf 70 procent zelfs aan niet meer terug te willen naar de copy-and-paste methode.

Nadeel is wel dat R Markdown-documenten de neiging hebben om te lang te worden om uit te printen, en dat er geen woorden-telfunctie op zit zodat je moeilijk kunt beoordelen of ingeleverd huiswerk wel aan de lengte-eisen voldoet. Maar de auteurs wekken niet de indruk dat ze dat heel erg vinden.

bron: Duke University

Onderwerpen