Deze week is de eerste DNA-sequenser op de markt verschenen met een wegwerp-siliciumchip als detector. Uiteindelijk zal deze technologie de kosten van sequensen drastisch omlaag brengen, zo voorspellen de makers.

De ‘Ion Personal Genome Machine’ (afgekort PGM) is ontwikkeld door Ion Torrent uit Guilford (Connecticut). Hij wordt op de markt gebracht door Life Technologies (voorheen Applied Biosystems/Invitrogen) dat Ion Torrent eerder dit jaar overnam.

Voorlopig kost hij 49.500 dollar, plus iets van 250 dollar per wegwerpchip, wat ook al ruimschoots goedkoper is dan bestaande sequensers. Al moet daarbij worden aangetekend dat de capaciteit (voorlopig 10 à 20 miljoen basen per run) óók heel bescheiden is en het aantal toepassingen nogal beperkt houdt.

Het meetprincipe berust op het feit dat bij de additie van een nucleotide aan een DNA-streng H+ vrijkomt. De PGM knipt het te testen DNA in kleine stukjes, verdeelt die over een groot aantal ‘wells’ in de chip en bouwt er dan complementaire strengen tegenaan door beurtelings de vier mogelijke basen C, G, A en T toe te voegen.

Onder elke well zit een soort pH-meter die op de vrijkomende H+ reageert, en zo aangeeft dat de laatst toegevoegde base ‘paste’. Door ook de sterkte van het signaal te meten, kun je zien of zich twee of meer van die basen tegelijk aan de keten hebben geregen.

Er is meteen een competitie aan vastgeknoopt om gebruikers te inspireren tot verdere verbetering van de nieuwe technologie. De eerste drie ‘Life Grand Challenges’ zijn om per run tweemaal zo veel DNA te sequensen, tweemaal zo snel te werken en/of tweemaal zo nauwkeurig te zijn als ze bij Ion Torrent zelf kunnen. Met elk van de drie wapenfeiten valt een miljoen dollar te verdienen.

Volgend jaar volgen nog 4 uitdagingen. Die blijven nog even geheim.

bron: Life Technologies, naturenews

Onderwerpen