Aan de 5'-kant van Okazaki-fragmenten tref je vaak extra nucleotiden aan.

Bij de DNA-replicatie gaat wel eens wat fout, maar de natuur heeft talloze mechanismen bedacht om fout gerepliceerde stukken te corrigeren of te verwijderen. De van oorsprong in Wageningen opgeleide Martin Reijns en zijn collega’s van de universiteit van Edinburgh laten deze week in Nature zien dat bij die verwijdering toch vaak een stukje achter blijft.

Al langer is bekend dat mutaties in het DNA niet op volledig willekeurig plekken te vinden zijn. Het team uit Edinburgh ontwikkelde een nieuwe methode, die zij emRiboSeq noemen, om te kijken waar die fragmenten het meest voorkomen. Het blijkt dat het merendeel van de mutaties te vinden is aan de 5’-kant van Okazaki-fragmenten (kleine stukken antiparallelle streng). Volgens de onderzoekers bestaat een genoom tot zo’n 1,5 procent van dit soort stukken DNA. De gemuteerde stukken blijken daarbij het meest frequent voor te komen in het fragmenten die als switch gelden voor de activatie van genen.

De door de onderzoekers gebruikte methode emRiboseq kijkt in vivo naar de polymeraseactiviteit door ribonucleotiden als niet-invasief label te gebruiken. De onderzoekers verwachten dat de methode in de toekomst veel kan bijdragen voor het in vivo onderzoek van DNA polymerases tijdens de replicatie en reparatie.


Bron: Nature