Het genoom.

De bacterie-etende bacterie Micavibrio aeruginosavorus is in principe inzetbaar als levend antibioticum. Dat stellen onderzoekers van de University of Virginia, die er in zijn geslaagd om het genoom van deze soort op te helderen.

Ze willen hun ‘bacteriële vampier’ onder meer afsturen op Pseudomonas aeruginosa, een van de belangrijkste veroorzakers van onstekingen in de longen van patiënten met taaislijmziekte (cystic fibrosis).

M. aeruginosavorus is in 1983 voor het eerst ontdekt in afvalwater. Het is een soort die zich voedt door zich vast te hechten op andere bacteriën en die dan letterlijk leeg te zuigen. Daarbij is hij tamelijk kieskeurig: naast P. aeruginosa lust hij gewoonlijk maar een paar andere soorten, waaronder Burkholderia cepacia en Klebsiella pneumoniae. Dat dat allemaal beruchte pathogenen zijn is waarschijnlijk toeval, maar het komt wel erg goed uit.

Tot nu toe was er verder weinig over M. aeruginosavorus bekend, vooral omdat deze soort heel lastig bleek te kweken. De zojuist in BMC Genomics gepubliceerde analyse van zijn genen maakt nu duidelijk waarom: van de 20 aminozuren die voor eiwitten nodig zijn, kan hij er maar 13 zelf maken. Voor de synthese van de overige 7 (alanine, arginine, histidine, isoleucine, methionine, tryptofaan en valine) mist hij zowat alle benodigde genen. Om het nog lastiger te maken lijkt hij de genen voor aminozuur-, peptide- en aminetransporteiwitten óók niet te hebben, zodat hij ook daarvoor volledig afhankelijk is van wat hij uit zijn prooien zuigt.

Uiteraard heeft deze bacterie wèl een uitgebreid arsenaal aan enzymen voor de spijsvertering. En de onderzoekers vermoeden dat hij beschikt over een heel apart ‘quorum sensing’-mechanisme dat voorkomt dat twee exemplaren tegelijk dezelfde prooi proberen te verorberen en zo allebei op hun honger blijven zitten.

Onduidelijk blijft waar de voorkeur voor bepaalde prooien vandaan komt, maar mogelijk is dat ook wel ergens in het genoom terug te brengen. Sowieso wordt het ronselen van M. aeruginosavorus voor medische doeleinden een stuk minder risicovol naarmate je beter weet hoe hij precies werkt.

bron: University of Virginia

Onderwerpen