Photoactive Yellow Protein (PYP) kan zichzelf onder UV-licht maar op één manier ontvouwen. Daarbij verliest het eerst zijn alfa-helixstructuur, waarna de binnenkant in een specifieke volgorde wordt blootgesteld aan water. Dat concluderen UvA-onderzoekers Jocelyne Vreede, Jarek Juraszek en Peter Bolhuis uit geavanceerde computersimulaties.

PYP wordt door sommige bacteriën gebruikt als UV-detector. Daarbij dient de vormverandering kennelijk als signaal. Hoe dit precies werkt was tot nu toe echter niet te achterhalen: het is een kwestie van milliseconden en aan een deels ongeordende structuur is het sowieso lastig meten.

Ook computersimulaties waren eigenlijk niet uit te voeren omdat PYP een té groot beslag deed op de beschikbare rekencapaciteit.

In PNAS beschrijven de Amsterdammers nu het gebruik van transition path sampling, een nieuwe simulatiemethode waarbij je alleen naar de echte overgangsmomenten probeert te kijken, terwijl je de stabiele periodes zo veel mogelijk overslaat. Hiermee blijkt het wél mogelijk om het hele ontvouwingsproces tot op atomair niveau te voorspellen.

Als het allemaal klopt, is er ook maar één manier waarop de ontvouwing kan verlopen; alle alternatieve routes lopen volgens de computer dood.

bron: UvA