Nucleosoom.

Aan DNA-fragmenten in het bloed kun je aflezen uit welk type cel ze afkomstig zijn. Met een beetje geluk kun je zo zien in welk orgaan een tumor zit, blijkt uit een publicatie in het tijdschrift Cell.

Die DNA-fragmenten komen in de bloedbaan terecht wanneer cellen afsterven. Dat je daaruit het nodige kunt afleiden is geen nieuws, maar tot nu toe zocht men bij zo'n 'liquid biopsy' vooral naar mutaties in de genetische code die bijvoorbeeld op een tumor kunnen wijzen.

De groep van Jay Shendure, aan de University of Washington in Seattle, kijkt nu eens niet naar die mutaties maar naar het fragmentatiepatroon. In de celkern zit DNA stijf opgerold, met zogeheten nucleosomen als de kleinste ‘spoeltjes’. Wanneer de afbraak van een cel begint, worden die nucleosomen in eerste instantie van elkaar geknipt omdat de tussenliggende stukjes DNA het gemakkelijkst zijn te bereiken voor een afbraakenzym.

Als er DNA via de bloedbaan ontsnapt voordat het helemaal is afgebroken, dan is het waarschijnlijk een stuk dat in één nucleosoom heeft gezeten. En aangezien de opdeling in nucleosomen bij het ene celtype net iets anders is dan bij het andere, moet je hier aan kunnen zien welk celtype het vaakst sneuvelt.

Uiteraard moet je heel erg veel DNA-fragmenten sequensen om een statistisch enigszins significante conclusie te trekken, wat het praktische nut van deze aanpak voorlopig nogal beperkt. Maar de auteurs denken het te kunnen gebruiken bij patiënten met een primaire tumor die onvindbaar is, terwijl er wél uitzaaiingen zijn.

bron: University of Washington