Links een door Privateer gevonden 'foute' suikerconformatie, rechts hoe het theoretisch zou moeten zijn.

In Engeland is software ontwikkeld die de suikers checkt in röntgenkristallografische gegevens van eiwitstructuren. Want details van die suikers komen iets te vaak foutief in eiwitdatabanken terecht, stellen Jon Agirre en collega’s van de University of York.

Een persbericht spreekt zelfs van de Assepoesters van de biologie.

Die suikergroepen zitten aan de meeste menselijke eiwitten en zijn essentieel voor hun functioneren. Als je die eiwitten laat uitkristalliseren en met röntgenkristallografie de 3D-structuur bepaalt, komen de structuren van die suikers automatisch mee. Maar de software die achteraf de resultaten naloopt op details die theoretisch niet kunnen, beperkte zich tot nu toe tot de eiwitketen zelf.

Agirre schat dan ook dat dertig procent van de gepubliceerde eiwitstructuren suikerketens bevat met vijf- en zesringconformaties (respectievelijk furanoses en pyranoses, in het jargon) die theoretisch net zo min kunnen. En gezien het tempo waarmee eiwitstructuren momenteel worden opgehelderd, is snel ingrijpen volgens hem geen overbodige luxe.

In Nature Structural and Molecular Biology presenteerde hij zojuist een softwarepakket genaamd Privateer, dat eiwitstructuren automatisch scant op suikers en vervolgens kijkt of die niet al te zeer in strijd zijn met bestaande ‘glycobiologische’ kennis. Het zou daarbij moeten kunnen inhaken op de software die nu al voor het valideren van de eiwitketen zelf wordt gebruikt.

Liefhebbers kunnen de broncode gratis downloaden.

bron: University of York