Om de basenvolgorde van DNA bepalen terwijl je de streng door een nanoporie trekt, moet je langzaam trekken. En dat lukt het beste wanneer die porie niet recht is maar zigzagt, zo claimen Jeff Brinker en collega’s (Sandia-lab, Albuquerque) in Nature Materials.

Volgens de onderzoekers vertraagt het bij gelijkblijvende trekkracht (in de praktijk een potentiaalverschil) de passage van het DNA met een factor 5. Dat zou precies het verschil moeten maken tussen wél of niet de passerende basen van elkaar kunnen onderscheiden.

Zulke zigzag-poriën zijn uiteraard lastig te boren of te etsen. Vandaar dat Brinker een manier heeft bedacht om het complete membraan inclusief poriën op te bouwen via zelfassemblage. Daarbij grijpt hij terug op een eerder ontwikkelde techniek die werkt met verdampende druppeltjes.

De zo ontstane poriën, met een diameter van ongeveer 3 nanometer, worden vervolgens verkleind door laagjes van één atoom dik op de wanden te dampen, net zo lang tot er nog precies een enkele DNA-streng doorheen past.

Helemaal los hiervan verscheen in het Journal of Chemical Physics onlangs een theoretische beschouwing over de snelheid waarmee DNA door een porie kan. Maar daar zit de zigzag-factor nog niet in.

bron: Sandia Labs, Rice University

Onderwerpen