Het jonge bedrijf nanoString ontwikkelde de zogeheten nCounter® barcode-technologie waarmee high throughput genexpressieanalyse in enkele dagen klaar is in plaats van weken zoals met RNA sequencing.

De barcode bestaat uit een reeks van zes ‘streepjes’ van vier soorten fluorescente moleculen (of ‘kleuren’). Uit zes moleculen van vier kleuren kun je duizenden unieke combinaties maken. Elke combinatie wordt verbonden aan een DNA-oligomeer van 50 nucleotiden lang dat complementair is aan een stukje van het target (bijvoorbeeld een gen) naar keuze. Dat is de zogeheten ‘reporter probe’. Daarnaast is er een capture probe met eveneens een DNA-oligomeer van 50 nucleotiden lang en een biotine-molecuul aan het uiteinde. Beide stukjes binden specifiek aan het target (bijvoorbeeld doel-RNA).

Daarna bindt het biotine van de capture probe het probe-target complex aan een streptavidine-oppervlak. Alle niet-gebonden materiaal wordt weggespoeld zodat er aan het oppervlak stukjes RNA vastzitten met per target een unieke kleurcode.

Een microscoop maakt een opname van het oppervlak en de software telt vervolgens hoeveel van welke kleurcodes op het plaatje zitten. Dat levert een lijst op met aanwezige targets met het aantal daarvan per target. Het hele proces duurt slechts enkele uren plus voorafgaand hieraan een nacht wachten voor het binden van de probes aan de targets.

GeoMx DSP gebruikt de voordelen van de Counter-technologie, en past deze toe bij spatiële weefselanalyse in de pathologie. Voor eiwitdetectie worden daarvoor unieke DNA-tags met een UV-gevoelige linker aan de antilichamen gebonden. Het weefsel wordt weer behandeld met de antilichamen en ongebonden materiaal weggespoeld. Daarna kun je met honderdduizenden individueel aan te sturen microspiegeltjes kiezen op welk deel van het weefsel UV-licht schijnt. Daar laat de DNA-tag los van het gebonden antilichaam en wordt met een capillair opgezogen en overgebracht naar een sample-plaat die met een standaard nCounter-systeem uitgelezen kan worden. Zo kun je dus precies bepalen van welk deel van de tumor je de analyse wil doen.