De actieve site van het enzym (illustratie: Eric Althoff)

Retroaldolase uit de computer werkt goed, maar niet snel

Een nieuw, met de computer ontworpen enzym is in staat C-C-banden te breken. Het enzym is echter 100.000 keer minder effectief dan natuurlijke enzymen die hetzelfde doen.

Toch is het een doorbraak, want het enzym kan een substraat omzetten waar zijn zijn natuurlijke collega’s niet mee kunnen omgaan, 4-hydroxy-4-(6-methoxy-2-nafthyl)-1-butanon. Het enzym, een zogenoemd retroaldolase, hakt het aldehydedeel van het molecuul af.

De wetenschappers van de University of Washington in Seattle ontwierpen het enzym met het computerprogramma Rosetta. Ze scanden een database van enzymen die wellicht geschikt waren door een retroaldolasereactie en hielden er uiteindelijk 72 over.

Toen ze deze eiwitten gingen maken, bleek dat twee derde de reactie ook echt kon uitvoeren, sommige versnelden de reactie vier keer. Het enzym dat overbleef heeft een katalytische site omringd met eiwitresiduen die alle overgangsfasen in het katalytische proces makkelijk laten verlopen, zo melden de wetenschappers in Science.


De onderzoekers benadrukken dat door de mens ontworpen enzymen nog lang niet zo efficiënt zijn als eiwitten uit de natuur. Toch lijken met deze resultaten ‘enzymen op bestelling’ iets dichterbij.

Bron: Chemical & Engineering News

Onderwerpen