Computationele Chemie & Biologie – Pagina 5
-
NieuwsVingerafdruk voor nanoporiën
In Zwitserland is een algoritme ontwikkeld dat de nanoporiestructuren van totaal verschillende materialen onderling vergelijkt. Zo kun je de juiste maat uit een database halen zonder meteen aan één bepaald materiaal vast te zitten, blijkt uit een publicatie in Nature Communications. Die poriestructuur, dus de combinatie van diameter en vorm, ...
-
Nieuws
Dataopslag in vier chemische kleuren
Onderzoekers uit Ohio hebben een chemie-gebaseerd optisch quaternair dataopslagsysteem ontwikkeld: een polymeer met twee kleine moleculen. Dat melden ze in het Journal of Materials Chemistry C . Er is steeds meer behoefte aan effici ntere dataopslag. Optische dataopslag (zoals CD s en Blu-Ray) is erg interessant door de lage kosten, ...
-
Nieuws
Hoe je antibiotica bouwt
Om door de celwand van Gram-negatieve bacteriën te kunnen dringen moet een molecuul stijf, plat en een primair amine zijn. Op basis van die ontwerpregels kun je efficiënt nieuwe antibiotica ontwerpen, schrijven Paul Hergenrother en collega’s van de universiteit van Illinois in Nature . Ze hebben het gedemonstreerd ...
-
Nieuws
Hoe een komeet zuurstof genereert
Dat kometen moleculaire zuurstof genereren, is niet zo gek. Met een Eley-Ridealmechanisme kun je het uitstekend verklaren, schrijft Caltech-procestechnoloog Konstantinos Giapis in Nature Communications . De Rosetta-sonde ontdekte die zuurstof twee jaar geleden in de nevel rond de komeet 67P/Churyumov-Gerasimenko. Chemisch gezien was dat een verrassing: in ...
-
Nieuws
Chemie ging digitaal
Feiten en anekdotes uit de begintijd van het computertijdperk in Nederland. Om katalytische reacties te simuleren en polymeereigenschappen te voorspellen, bestelde BASF dit voorjaar bij Hewlett-Packard een van de grootste supercomputers ter wereld . En het is niet voor het eerst dat de chemie op dit gebied vooroploopt, zo ...
-
Nieuws
Chemisch computergeheugen
In Polen is bedacht hoe je databits opslaat in chemische klokreacties. Noem ze dan dus maar ‘chits’, stellen Konrad Gizynski en Jerzy Gorecki. In Physical Chemistry Chemical Physics onthulden ze onlangs hun chemische geheugen. Het werkt met een zogeheten Belousov-Zhabotinskyreactie , afgekort BZ, een klassiek voorbeeld van ...
-
Nieuws
Femtochemische kernfusie
Kernfusie gaat veel makkelijker als de betrokken kernen al samen in één molecuul zitten. In elk geval in theorie, claimen Amerikaanse en Chileense chemici. Hun berekeningen verschenen zojuist in een speciaal nummer van Chemical Physical Letters , opgedragen aan de vorig jaar overleden Nobelprijswinnaar Ahmed Zewail . Die geldt ...
-
Nieuws
Nitraat blijkt zuur
Onder bijzondere omstandigheden kunnen nitraationen reageren als Lewiszuren. En dat beïnvloedt op een onverwachte manier de structuur van sommige eiwitten, schrijft UvA-onderzoeker Tiddo Mooibroek in Nature Communications. Dat NO 3 - een ( geconjugeerde ) base is, zij het een zwakke, is dus alweer een dogma dat de prullenmand ...
-
Nieuws
Bayesiaanse eiwitstructuurbepaling
Cryo-eletronenmicroscoopopnames van eiwitten herleiden tot een 3D-structuur wordt stukken eenvoudiger dankzij twee nieuwe algoritmes. Het kan nu binnen een paar uur op een gewone desktop-pc, beloven Canadese onderzoekers in Nature Methods. Met die ‘cryo-EM’-techniek kun je de structuur bepalen van losse eiwitmoleculen , zonder dat je ze eerst hoeft ...
-
Nieuws
Helium doet het met natrium
Bij 113 gigapascal vormen natrium en helium een stabiele verbinding. En met zuurstof er bij is 15 GPa misschien al genoeg, schrijft een internationaal gezelschap in Nature Chemistry. In het binnenste van een planeet haal je dat soort drukken gemakkelijk en kunnen zulke verbindingen gewoon bestaan, schrijft eennalaatste auteur Alex ...
-
Nieuws
Acetyleen maakt selfie
In Science zijn de eerste beelden getoond van een acetyleenmolecuul dat bezig is te ontleden. Kwestie van een tot op de femtoseconde nauwkeurige timing, meldt een internationaal gezelschap. De door Jens Biegert (ICFO, Barcelona), Chii-Dong Lin (Kansas State University) en collega’s toegepaste techniek heet ...
-
Nieuws
Partij kiezen rond cellulose
Op een cellulosekristal zoeken tetrahydrofuraan (THF) en water elk hun eigen plekje op. In dat effect moet je de verklaring zoeken voor de effectiviteit van deze combinatie van oplosmiddelen bij de voorbehandeling van houtige biomassa, schrijven Barmak Mostofian, Jeremy Smith en collega’s van Oak Ridge National Laboratory in ...
-
Nieuws
Verkeerd gelabelde genen
In minstens één op de drie onderzoeken naar genetische expressie zitten gegevens verwerkt van minstens één monster waarvan het etiket niet klopt. En dat is nog een heel conservatieve schatting, waarschuwen Canadese onderzoekers op het F1000Research -platform. Voor die conclusie hebben ze alleen nog maar gekeken of het opgegeven geslacht ...
-
Nieuws
Nieuw licht op werking aspirine
Dat aspirine de kans op darmkanker verlaagt, heeft waarschijnlijk te maken met een transcriptiefactor genaamd RUNX1 . Statistisch gezien moet er haast wel een verband zijn tussen die twee, schrijven Deepak Voora, Geoffrey Ginsburg en collega’s van Duke University in EBioMedicine . Ze presenteren het als een triomf ...
-
Nieuws
Muizen hoeven geen morfine meer
Computersimulaties hebben de ideale pijnstiller voor muizen opgeleverd. PZM21 lijkt niet op morfine maar werkt net zo goed terwijl de bijwerkingen en het verslavende effect uitblijven, meldt Nature . Of het bij mensen net zo fijn werkt als bij die muizen moet je maar afwachten, maar het zou goed ...
-
Nieuws
Supergeleidend platina
Van platina met wat toevoegingen kun je unieke kristallen maken die onder zeer hoge druk supergeleidend worden. Vooral voor theoretici is het smullen, blijkt uit een Japanse publicatie in JACS . Bij ‘zeer hoge druk’ moet je dan denken aan 10 GPa oftewel 100.000 atmosfeer. De supergeleiding treedt dan op ...
-
Nieuws
Biochemie onder hoge druk
Onder extreem hoge druk vormen biomoleculen extra waterstofbruggen. Diepzee-organismen hebben zich daar aan aangepast en hebben nu die druk nodig om te overleven, suggereert een Duitse publicatie in Angewandte Chemie . Wat er bij een paar duizend bar precies gebeurt is nog niet duidelijk, maar naarmate de druk oploopt zie ...
-
Verdieping
Experimenteren met software
Rekenen aan elektronenwolken, reacties en spectra krijgt steeds meer voet aan de grond. Dat merkt ook softwarebedrijf SCM, dat hiervoor al jaren programma’s ontwikkelt. ‘Het kan veel tijdrovende en dure experimenten schelen.’ Verscholen in een van de vele gangen van het gebouw voor bètawetenschappen van de VU in Amsterdam huist ...
-
Verdieping
Chemie tussen mens en machine
De nieuwe labrobot Eve roept de vraag op in hoeverre je moleculaire processen kunt automatiseren. De vragen die je met een lerend algoritme kunt beantwoorden zijn heel divers. Eind vorig jaar verscheen een publicatie over robot scientist Eve , een autonoom laboratoriumsysteem dat experimenten doet, gegevens interpreteert, verbanden ...
-
Nieuws
Een steeds beter te voorspellen proces
Herman van Vlijmen heeft de computational chemistry in de tijd zien groeien. Door terug en vooruit te kijken, schetst hij hoe zijn veld er nu voor staat. Je zou jezelf de vraag moeten stellen: waar stond de biologie 15 jaar geleden? Al sinds zijn afstuderen houdt het vakgebied Herman ...
