Computationele Chemie & Biologie – Pagina 6
-
NieuwsNitraat blijkt zuur
Onder bijzondere omstandigheden kunnen nitraationen reageren als Lewiszuren. En dat beïnvloedt op een onverwachte manier de structuur van sommige eiwitten, schrijft UvA-onderzoeker Tiddo Mooibroek in Nature Communications.Dat NO3- een (geconjugeerde) base is, zij het een zwakke, is dus alweer een dogma dat de prullenmand in kan. Mooibroek vermoedt dat het ...
-
Nieuws
Bayesiaanse eiwitstructuurbepaling
Cryo-eletronenmicroscoopopnames van eiwitten herleiden tot een 3D-structuur wordt stukken eenvoudiger dankzij twee nieuwe algoritmes. Het kan nu binnen een paar uur op een gewone desktop-pc, beloven Canadese onderzoekers in Nature Methods.Met die ‘cryo-EM’-techniek kun je de structuur bepalen van losse eiwitmoleculen, zonder dat je ze eerst hoeft te laten uitkristalliseren ...
-
Nieuws
Helium doet het met natrium
Bij 113 gigapascal vormen natrium en helium een stabiele verbinding. En met zuurstof er bij is 15 GPa misschien al genoeg, schrijft een internationaal gezelschap in Nature Chemistry.In het binnenste van een planeet haal je dat soort drukken gemakkelijk en kunnen zulke verbindingen gewoon bestaan, schrijft eennalaatste auteur Alex Boldyrev ...
-
Nieuws
Acetyleen maakt selfie
In Science zijn de eerste beelden getoond van een acetyleenmolecuul dat bezig is te ontleden. Kwestie van een tot op de femtoseconde nauwkeurige timing, meldt een internationaal gezelschap. De door Jens Biegert (ICFO, Barcelona), Chii-Dong Lin (Kansas State University) en collega’s toegepaste techniek heet laser-induced electron diffraction (LIED). ...
-
Nieuws
Partij kiezen rond cellulose
Op een cellulosekristal zoeken tetrahydrofuraan (THF) en water elk hun eigen plekje op. In dat effect moet je de verklaring zoeken voor de effectiviteit van deze combinatie van oplosmiddelen bij de voorbehandeling van houtige biomassa, schrijven Barmak Mostofian, Jeremy Smith en collega’s van Oak Ridge National Laboratory in ...
-
Nieuws
Verkeerd gelabelde genen
In minstens één op de drie onderzoeken naar genetische expressie zitten gegevens verwerkt van minstens één monster waarvan het etiket niet klopt. En dat is nog een heel conservatieve schatting, waarschuwen Canadese onderzoekers op het F1000Research-platform.Voor die conclusie hebben ze alleen nog maar gekeken of het opgegeven geslacht wel kon ...
-
Nieuws
Nieuw licht op werking aspirine
Dat aspirine de kans op darmkanker verlaagt, heeft waarschijnlijk te maken met een transcriptiefactor genaamd RUNX1. Statistisch gezien moet er haast wel een verband zijn tussen die twee, schrijven Deepak Voora, Geoffrey Ginsburg en collega’s van Duke University in EBioMedicine. Ze presenteren het als een triomf van de ...
-
Nieuws
Muizen hoeven geen morfine meer
Computersimulaties hebben de ideale pijnstiller voor muizen opgeleverd. PZM21 lijkt niet op morfine maar werkt net zo goed terwijl de bijwerkingen en het verslavende effect uitblijven, meldt Nature. Of het bij mensen net zo fijn werkt als bij die muizen moet je maar afwachten, maar het zou goed ...
-
Nieuws
Supergeleidend platina
Van platina met wat toevoegingen kun je unieke kristallen maken die onder zeer hoge druk supergeleidend worden. Vooral voor theoretici is het smullen, blijkt uit een Japanse publicatie in JACS. Bij ‘zeer hoge druk’ moet je dan denken aan 10 GPa oftewel 100.000 atmosfeer. De supergeleiding treedt dan ...
-
Nieuws
Biochemie onder hoge druk
Onder extreem hoge druk vormen biomoleculen extra waterstofbruggen. Diepzee-organismen hebben zich daar aan aangepast en hebben nu die druk nodig om te overleven, suggereert een Duitse publicatie in Angewandte Chemie. Wat er bij een paar duizend bar precies gebeurt is nog niet duidelijk, maar naarmate de druk oploopt ...
-
Verdieping
Experimenteren met software
Rekenen aan elektronenwolken, reacties en spectra krijgt steeds meer voet aan de grond. Dat merkt ook softwarebedrijf SCM, dat hiervoor al jaren programma’s ontwikkelt. ‘Het kan veel tijdrovende en dure experimenten schelen.’ Verscholen in een van de vele gangen van het gebouw voor bètawetenschappen van de VU in ...
-
Verdieping
Chemie tussen mens en machine
De nieuwe labrobot Eve roept de vraag op in hoeverre je moleculaire processen kunt automatiseren. ‘De vragen die je met een lerend algoritme kunt beantwoorden zijn heel divers.’ Eind vorig jaar verscheen een publicatie over robot scientist Eve, een autonoom laboratoriumsysteem dat experimenten doet, gegevens interpreteert, verbanden zoekt ...
-
Nieuws
Een steeds beter te voorspellen proces
Herman van Vlijmen heeft de computational chemistry in de tijd zien groeien. Door terug en vooruit te kijken, schetst hij hoe zijn veld er nu voor staat. ‘Je zou jezelf de vraag moeten stellen: waar stond de biologie 15 jaar geleden?’ Al sinds zijn afstuderen houdt het vakgebied ...
-
Nieuws
Bouw je eigen virusmantel
In Seattle zijn eiwitten ontworpen die zichzelf assembleren tot een stabiele icosaëder. Ideaal als medicijnverpakking, stellen Yang Hsia, David Baker en collega’s van de University of Washington in Nature. Hun icosaëders (regelmatige twintigvlakken) ontstaat uit 60 identieke eiwitmoleculen. Qua structuur zijn ze vergelijkbaar met de eiwitmantel van sommige ...
-
Nieuws
Tien plus moet kunnen
Minstens één vorm van tienwaardig platina is metastabiel en kan bij kamertemperatuur maandenlang bestaan. In elk geval in theorie, blijkt uit een hot paper in Angewandte Chemie. Pt10+ is daarmee het eerste tienwaardige metaalion waarvan het bestaan ooit is voorspeld. Vroeger werd algemeen aangenomen dat het bij 8+ ...
-
Nieuws
Gelaagde genetische code
In de manier waarop DNA zichzelf oprolt, zit een tweede erfelijke code verstopt die net zo goed aan evolutie onderhevig is als de code die we al kenden. Biologen voelden dat misschien al aan hun water maar computersimulaties van Leidse en Delftse fysici bewijzen dat het theoretisch ook ...
-
Nieuws
Kwantumdot past in computer
Voor het eerst is de uitwisseling van metaalionen op kwantumdots realistisch te simuleren op de computer. Dankzij softwarematige ‘pseudoliganden’ kun je nu tenminste voorspellen wat er gebeurt als je het recept verandert, melden Utrechtse en Delftse onderzoekers. Die uitwisseling houdt bijvoorbeeld in dat je de buitenste loodatomen in ...
-
Nieuws
Enzym met kurk
Het enzym autotaxine wordt geregeld door galzouten die werken als een soort kurk. Dat kan de ontstekingsremmende werking van die zouten op zijn minst gedeeltelijk verklaren, claimen onderzoekers van het NKI en het AMC in Nature Communications. Dat autotaxine (ATX) zet lysofosfaditylcholine om in lysofosfatidezuur (LPA), een lipide ...
-
Nieuws
Sjorren aan herinneringen
Ons langetermijngeheugen werkt mechanisch, met actinevezels als drijvende kracht en prion-eiwitten als opslagmedium. Tenminste, als de berekeningen kloppen die onderzoekers van Rice University (VS) zojuist publiceerden in PNAS. Het zou verklaren waarom zenuwcellen überhaupt prion-eiwitten bevatten. We weten dat die ziektes als Creutzfeldt-Jakob veroorzaken wanneer er iets fout ...
-
Nieuws
Anorganisch anti-aromatisch
Voor het eerst is het gelukt een volledig anorganische anti-aromatische verbinding in handen te krijgen. Chemici moeten dus nodig af van het idee dat aromaticiteit puur iets voor organici is, suggereert een publicatie in Angewandte Chemie. Uiteraard heeft in de definities van ‘aromatisch’ en ‘anti-aromatisch’ ook nooit gestaan ...
