Computationele Chemie & Biologie – Pagina 6
-
Nieuws
Aluminium dat op water drijft
Theoretisch kun je aluminium maken met een soortelijke massa van 0,61. In die vorm zou het dus moeten drijven op water, schrijven Russische onderzoekers in het Journal of Physical Chemistry C. Hoe je dit ‘supertetraëdrische’ aluminium ooit in de praktijk zou moeten realiseren, schijnen Alexander Boldyrev (tegenwoordig University of Utah, ...
-
Nieuws
Oplosbaarheid beter voorspelbaar
UvA-onderzoekers hebben een model ontwikkeld dat de oplosbaarheid van kleine moleculen in specifieke oplosmiddelen beter dan ooit voorspelt. Handig als je het optimale oplosmiddel zoekt voor een nieuw industrieel productieproces, schrijven Gadi Rothenberg en collega’s in ChemPhysChem. De laatste 50 jaar kwam men op dit gebied niet veel verder dan ...
-
Nieuws
Synthetisch eiwit doet wat computer belooft
Voor het eerst is een volledig synthetisch eiwit ontworpen dat een klein molecuul in vitro precies zo bindt als op de tekentafel. Het kán dus wel, stellen William DeGrado en collega’s van Duke University in Nature Chemistry. PS1 (porphyrin-binding sequence 1) bestaat uit 109 aminozuren en bindt een soort heemverbinding, ...
-
Nieuws
DNA-virus infecteert computer
In synthetisch DNA kun je een virus verstoppen dat via de sequencing-software een computernetwerk infecteert. Het is Tadayoshi Kohno en collega’s van de University of Washington daadwerkelijk gelukt, stellen ze in een paper dat ze volgende week presenteren tijdens een symposium over computerveiligheid in Vancouver. Kennelijk kun je zo’n synthetische ...
-
Nieuws
Labrobot overtroeft mens
Er zijn vormen van chemie die robots nu al beter beheersen dan mensen. Bijvoorbeeld het laten uitkristalliseren van gigantische polyoxometalaten, melden Lee Cronin en collega’s van de University of Glasgow in Angewandte Chemie. Die polyoxometalaten zijn bizarre structuren, opgebouwd uit zuurstof- en overgangsmetaalionen. Je kunt ze zo groot en ingewikkeld ...
-
Nieuws
Katalyse biedt kansen voor kwantumcomputer
Rekenen aan complexe chemische reactiemechanismes zou zomaar een killer application van kwantumcomputers kunnen worden. Op papier ziet het er in elk geval goed uit, schrijven Matthias Troyer en collega’s van Microsoft en de ETH Zürich in een publicatie die deze week door PNAS online is gezet. Een eerdere niet-gepeerreviewde versie ...
-
Opinie & Analyse
Focus op software
De chemie en life sciences kunnen niet meer zonder wetenschappelijke software. Maar hoe staat het met de erkenning van de ontwikkeling ervan binnen de academische wereld? Vier kenners praten mee. ‘De ontwikkeling van wetenschappelijke softwaretools wordt steeds belangrijker binnen de chemie en life sciences’, stelt Lars Ridder van het Netherlands ...
-
Nieuws
Vingerafdruk voor nanoporiën
In Zwitserland is een algoritme ontwikkeld dat de nanoporiestructuren van totaal verschillende materialen onderling vergelijkt. Zo kun je de juiste maat uit een database halen zonder meteen aan één bepaald materiaal vast te zitten, blijkt uit een publicatie in Nature Communications. Die poriestructuur, dus de combinatie van diameter en vorm, ...
-
Nieuws
Dataopslag in vier chemische kleuren
Onderzoekers uit Ohio hebben een chemie-gebaseerd optisch quaternair dataopslagsysteem ontwikkeld: een polymeer met twee kleine moleculen. Dat melden ze in het Journal of Materials Chemistry C. Er is steeds meer behoefte aan efficiëntere dataopslag. Optische dataopslag (zoals CD’s en Blu-Ray) is erg interessant door de lage kosten, hoge capaciteit en ...
-
Nieuws
Hoe je antibiotica bouwt
Om door de celwand van Gram-negatieve bacteriën te kunnen dringen moet een molecuul stijf, plat en een primair amine zijn. Op basis van die ontwerpregels kun je efficiënt nieuwe antibiotica ontwerpen, schrijven Paul Hergenrother en collega’s van de universiteit van Illinois in Nature. Ze hebben het gedemonstreerd door deoxynybomycine (DNM) ...
-
Nieuws
Hoe een komeet zuurstof genereert
Dat kometen moleculaire zuurstof genereren, is niet zo gek. Met een Eley-Ridealmechanisme kun je het uitstekend verklaren, schrijft Caltech-procestechnoloog Konstantinos Giapis in Nature Communications. De Rosetta-sonde ontdekte die zuurstof twee jaar geleden in de nevel rond de komeet 67P/Churyumov-Gerasimenko. Chemisch gezien was dat een verrassing: in het heelal is O2 ...
-
Nieuws
Chemie ging digitaal
Feiten en anekdotes uit de begintijd van het computertijdperk in Nederland. Om katalytische reacties te simuleren en polymeereigenschappen te voorspellen, bestelde BASF dit voorjaar bij Hewlett-Packard een van de grootste supercomputers ter wereld. En het is niet voor het eerst dat de chemie op dit gebied vooroploopt, zo blijkt uit ...
-
Nieuws
Chemisch computergeheugen
In Polen is bedacht hoe je databits opslaat in chemische klokreacties. Noem ze dan dus maar ‘chits’, stellen Konrad Gizynski en Jerzy Gorecki. In Physical Chemistry Chemical Physics onthulden ze onlangs hun chemische geheugen. Het werkt met een zogeheten Belousov-Zhabotinskyreactie, afgekort BZ, een klassiek voorbeeld van een oscillerende ...
-
Nieuws
Femtochemische kernfusie
Kernfusie gaat veel makkelijker als de betrokken kernen al samen in één molecuul zitten. In elk geval in theorie, claimen Amerikaanse en Chileense chemici. Hun berekeningen verschenen zojuist in een speciaal nummer van Chemical Physical Letters, opgedragen aan de vorig jaar overleden Nobelprijswinnaar Ahmed Zewail. Die geldt als vader van ...
-
Nieuws
Nitraat blijkt zuur
Onder bijzondere omstandigheden kunnen nitraationen reageren als Lewiszuren. En dat beïnvloedt op een onverwachte manier de structuur van sommige eiwitten, schrijft UvA-onderzoeker Tiddo Mooibroek in Nature Communications. Dat NO3- een (geconjugeerde) base is, zij het een zwakke, is dus alweer een dogma dat de prullenmand in kan. Mooibroek vermoedt dat ...
-
Nieuws
Bayesiaanse eiwitstructuurbepaling
Cryo-eletronenmicroscoopopnames van eiwitten herleiden tot een 3D-structuur wordt stukken eenvoudiger dankzij twee nieuwe algoritmes. Het kan nu binnen een paar uur op een gewone desktop-pc, beloven Canadese onderzoekers in Nature Methods. Met die ‘cryo-EM’-techniek kun je de structuur bepalen van losse eiwitmoleculen, zonder dat je ze eerst hoeft te laten ...
-
Nieuws
Helium doet het met natrium
Bij 113 gigapascal vormen natrium en helium een stabiele verbinding. En met zuurstof er bij is 15 GPa misschien al genoeg, schrijft een internationaal gezelschap in Nature Chemistry. In het binnenste van een planeet haal je dat soort drukken gemakkelijk en kunnen zulke verbindingen gewoon bestaan, schrijft eennalaatste auteur Alex ...
-
Nieuws
Echt laag hangend farma-fruit
Het klopt dat in de farma-R&D het laaghangende fruit is geplukt. Maar de definitie van ‘fruit’ behoeft enige aanpassing, zo blijkt wanneer je beslismodellen uit de economische wetenschappen loslaat op lifescience-onderzoeksprocedures. Het pleidooi van Oxford-onderzoeker Jack Scannell en de Amerikaanse consultant Jim Bosley draait om ‘predictive validity’ (PV). ...
-
Nieuws
Superlicht ijs
Er moeten ijskristallen bestaan die een kwart lichter zijn dan het huidige record. Alleen zijn ze nogal moeilijk te maken, blijkt uit simulaties die zijn uitgevoerd aan de University of Nebraska-Lincoln. Als het echt blijkt te bestaan, zou ‘s-III ijs’ de achttiende bekende kristalstructuur van vast H2O zijn. ...
-
Nieuws
4D-print trekt voorspelbaar krom
Harvard-onderzoekers hebben een techniek ontwikkeld om 3D-prints te maken die op een voorspelbare manier vervormen bij contact met vocht. Net als levende planten doen, schrijven Jennifer Lewis en collega’s in Nature Materials. Ze omschrijven het als ‘biomimetisch 4D-printen’, waarbij tijd de vierde dimensie is. Je zou er bijvoorbeeld ...