Aan de eiwitconcentraties in een geïnfecteerde celcultuur kun je aflezen hoe gevaarlijk een griepvirus is. Handig voor de volgende keer dat een pandemie dreigt te leiden tot paniek, claimen Engelse onderzoekers in een artikel dat een dezer dagen verschijnt in het tijdschrift Proteomics.

Julian Hiscox en John Barr (University of Leeds) spreken zelf van een virale barcode. Het idee is dat zo’n virus een cel verbouwt tot virusproductiefabriekje, en dat dat onvermijdelijk gevolgen heeft voor de productie van eiwitten die die cel voor zichzelf nodig heeft.

De ‘barcode’ bestaat dan uit de verschillen in eiwitconcentraties tussen de gezonde en de geïnfecteerde toestand, waarbij voor het gemak alleen de eiwitten worden meegenomen die de grootste verschillen te zien geven.

Om die verschillen te kwantificeren wordt gebruik gemaakt van ‘stable isotope labeling by amino acids in cell culture’, afgekort SILAC. Hierbij ‘voer’ je een celcultuur met aminozuren die je vooraf hebt gelabeld met zeldzame isotopen zoals 13C of 15N, waarna je met een massaspectrometer vaststelt in welke eiwitten die isotopen terecht komen.

De hoop is uiteraard dat er een lijn in zit, en dat je de barcodes geleidelijk kunt zien veranderen naarmate een virus levensbedreigender wordt.

De Engelsen hebben deze methode nu gebruikt om de varkensgriep van 2009 te vergelijken met een bescheiden seizoensgriepje. Inderdaad bleek er niet zo gek veel verschil te zijn. Als we dat in 2009 hadden geweten, hadden we wellicht geen rel rond te veel ingekochte vaccins gehad.

In de nabije toekomst hopen ze ook een barcode te maken van een echt gevaarlijke variant, zoals de vogelgriep. Dat moet dan het definitieve bewijs leveren dat je aan die barcodes de risico's van een nieuw opgedoken griepvariant kunt aflezen.

In een eerdere publicatie beschreven de onderzoekers trouwens al een vergelijkbaar onderzoek naar varianten van humaan respiratoir syncitiaal virus (hRSV), een virus dat de luchtwegen van jonge kinderen aantast.

bron: University of Leeds

Onderwerpen