Ra, ra, op welk zaadje zit de bacterie?

De Duitse EHEC-bacteriën van vorig jaar leken genetisch veel sterker op elkaar dan de Franse. En dat is gek, stellen de wetenschappers die dit hebben ontdekt.

Zoals bekend was er vorig jaar een zeer grote EHEC-uitbraak in Noord-Duitsland, en een kleinere in Zuidwest-Frankrijk. Allebei werden ze achteraf in verband gebracht met besmette fenegriekzaadjes uit Egypte.

Indertijd zijn bij verschillende patiënten de verantwoordelijke E. coli-bacteriën geïsoleerd, en een internationaal team heeft nu 4 Duitse en 7 Franse kweekjes door de sequenser gehaald om de volledige genomen naast elkaar te kunnen leggen. De resultaten zijn zojuist in PNAS verschenen.

Tot ieders verrassing bleken de 4 Duitse DNA-sequenties op een paar kleine details na identiek. De verschillen tussen de 7 Franse monsters waren vele malen groter. Bovendien leek het in Duitsland gevonden DNA een deelverzameling te zijn van het Franse.

Het kan nog zijn dat er een veel grotere diversiteit in het Duitse bacterie-DNA zat en dat de onderzoekers stomtoevallig 4 identieke exemplaren uit de genenpool hebben getrokken, maar die kans is statistisch gezien niet zo heel groot.

De kans is veel groter dat de Duitse besmetting inderdaad het gevolg was van één bacteriekolonie die ergens door de desinfectieprocedures is geglipt, of wellicht is binnengebracht door een medewerker van de biologische taugékwekerij waar de ellende begon.

Ook is het mogelijk dat de bacteriën niet gelijkmatig over de fenegriekzaadjes waren verspreid. Het overgrote deel van de besmetting zou dan hebben moeten zitten op de 400 kilo die via Engeland naar Frankrijk ging, terwijl er maar één stam zat in de 10.500 kilo die voor Duitsland bestemd was. Dàt is statistisch gezien echter knap onwaarschijnlijk, stellen de onderzoekers.

Het zou zelfs nog kunnen dat de Duitse manier om de zaadjes te laten kiemen (op bronwater, in een zorgvuldig geregisseerd kweekproces bij precies 20 graden Celsius) tot minder mutaties leidt dan de Franse (op kraanwater, op het aanrecht, ergens tussen de 12 en 28 graden). Maar dat zou experimenteel moeten worden uitgezocht.

Het grootste nieuws is dat het tegenwoordig überhaupt mogelijk is om een dergelijke analyse ‘eventjes’ te doen. Een paar jaar geleden had het niet gekund en hadden we nooit geweten dat er iets geks aan de hand was.

bron: Harvard School of Public Health

Onderwerpen